キャンペーンモードにおいては、前マップをクリアしたときに生き残っていたユニットを全て次にプレイする面に持ち越せます。つまり、強力なユニットを生産でき、生き残らせることができれば使い続けられるということで、スタンダードモードと違い大型空母・爆撃機などの重厚長大型ユニットを用いられることがポイントになります。ただし、持ち越しユニットを使用するためには生産可能箇所に「配置」する必要があるため、1日目から大量のユニットを用いられるというわけではありません。
こちらばかり有利ということは当然あるわけもなく、コンピュータ側のユニットははじめから大量のユニットを保持しています。こちらのユニットは「配置」する必要があるため遅れるのは必至なので、いかに少数部隊で大量の先遣部隊を撃退するかにキャンペーンモードのポイントは全てかかっています。
いったん先遣部隊を撃退できればあとは護衛とすす払いに戦闘機・攻撃機をつけた爆撃機と歩兵搭載の輸送機を敵首都に向かわせ、爆撃後占領すれば即終了です。
終了までの日数などが読みきれた場合、補給を考慮する必要は全くありません。次の面に移る前に全てのユニットは機体・弾薬・燃料全て回復します。
生産する必要はほとんどないので、基本的に面の最初に大量に保持している資金で十分です。無理に敵都市などを占領に行く必要はありません。また、工作車は簡易空港の設置に大いに役立ちますが、収入を増やすことに関しては無理することはないでしょう。
3にはZOCシステムがあります。守る際は必ずぎっちりつめ、辺に凹みがないように、できるだけ角を減らすように並べるようにしましょう。角は硬いだけがとりえの部隊(戦車など)を置くのがコツです。
最も重要な戦略のポイントは何と言っても先遣部隊の撃退です。主に厳しいのは以下の2パターンです。
 まず前者から考えましょう。実は3の艦船部隊には重大な弱点があります。それは「輸送艦を除いて対地攻撃力がほぼ皆無」ということです。空母も一応機関砲を持っているのですが、浅瀬に乗れないのでめったに攻撃されません。イージス艦は対空対艦攻撃力、空母は対空攻撃力、潜水艦は対艦攻撃力が抜群です。配置した瞬間に破壊されるのが定番なので、「地上部隊のみ配置」という手段をとりましょう。輸送艦はキャンペーンだとほとんどなかったはずです。
 さて、陸上から敵海上部隊を破壊しなくてはいけません。簡単にするには自走砲とロケットランチャーです。それぞれ2〜3部隊ずつくらい持っていると楽でしょう。自走砲のほうが対艦能力が高いので有力です。
 イージス艦は対空間接攻撃ができるわけではないので、敵空母がなくなったら攻撃機を配置するのもよいでしょう。戦闘機で回り込み、攻撃機A/Sで挟み撃ち、とすれば一発で半分減らせるので、攻撃機2部隊がかりで必ず一日の間に破壊しましょう。残すと、挟み撃ちの種にされます。
 余談ですが、もしまぬけなイージス艦が海岸にとなりあったりした日には、はさみうちにすれば何と残り4になるまでは歩兵でも削ることはできます。
 潜水艦は、そもそも対艦攻撃能力しかないのでずっと放っておいて、最後に航空機で囲んで動きづらくしたところで、潜水艦で挟み撃ちとして攻撃すれば簡単でしょう。対潜ヘリは極めてやわなので敵部隊に狙われないようにするのが面倒な上に使い道が狭いので使う必要はないと思います。
 後者が難しく、また面数が極めて多いです。3では空にまともな攻撃力のある部隊がかなり少ないため、可能な部隊をできるだけ用意しておくのが望ましいです。対空攻撃ユニットは「対空戦車」と「対空ミサイル」。対空戦車は対歩兵・車両攻撃力も非常に高いので3においてはかなり優秀であるといえるでしょう。対空戦車だけ大量に持っていても実は2面攻撃(2箇所敵が配置している)であっさり破壊されるという恐れが極めて高いので、「戦車」を1〜2個壁代わりに持っていると意外と役立ちます。戦車を角に、対空戦車を辺に、という感じでしょうか。それでも当然対空戦車の数部隊は破壊されます。そこで、最初から持っている大量の資金の出番です。数部隊対空戦車をできるだけ外側に生産しましょう。最初のうちには「生産したてのLV.D対空戦車」を外側に、「高LVの対空戦車」や対空ミサイルを内側に置くことにより、被害をできるだけ防ぎ、敵が集まったところで高レベルの攻撃で一気に殲滅するのです。当然ながらZOCを生かすために削られたであろう戦車や、おとりの対空戦車等は前に運び敵を囲む手伝いをさせます。戦車は硬すぎるためか意外と全滅せずに残ります。いつの間にかLVまであがってますます硬くなるので壁としてはなかなか便利です。
 意外かもしれませんが、対空ミサイルは通常版のほうが進化後より攻撃力が高く設定されています。射程が大違いなのですが、へたに進化させると苦労することになることがあります。3部隊持っていたら1つだけ先に進化させ、そのLVがSになったあたりでもうひとつを進化させるのが無難な運びでしょう。
 対空攻撃で忘れてはいけないのがこちらも航空機を使うことです。敵戦闘機は当然ながらこちらの配置したての攻撃機などを狙ってくると考えましょう。しっかり対空戦車や戦車などで最低限ZOCを利用されない程度守りましょう。ここでも壁役戦闘機の生産は極めて有効です。戦闘機Aを生産し、狙わせましょう。戦闘機は何といってもその機動性が魅力です。うまく挟み撃ちできるように工夫しましょう。
 戦闘機Sについても説明しておきましょう。戦闘機Sは、戦闘機Bを進化させることで作ることができます。戦闘機3種は実は直接攻撃の武器は全く一緒であり、攻撃力も全く一緒です。ただ、AとBでは耐久力とイニシアチブに大きな違いがあるので、Aが圧倒的に強く見えるのです。Bを絶対に殺されないようにしつつ経験値を稼ぐためにはほとんどの敵を片付けた後の掃除に回すのが最適でしょう。ヘリへの先制攻撃や挟み撃ちで工夫してみてください。いっぺんに複数の戦闘機Bを鍛えるのはかなり厳しいと思うので、ひとつずつやるのがよいと思われます。私がプレイしたときは、最初のエンディングを見るまでには戦闘機Sはできあがっていませんでした。もしSができあがったあとであれば、1日目に奥のほうの空港で作っておけば強力かつ便利な対空ミサイルとしての運用ができます。ただし対地攻撃力がそこそこある上に対地防御力が極めて高い戦闘機Aのほうが、後半便利なのでSに切り替えすぎると損すると思われます。
艦船・航空の両方が混ざっているときは陸上部隊のみでがんばるはめになるでしょう。艦船を後回しにするのがよいと思われます。
当然ですが敵イージス艦の姿が近くにないときはイージス艦を早めに配置するのがポイントです。大型空母もできるだけ早めに配置できるとよいでしょう。高速移動・補給可能・高攻撃力、と最高のユニットです。キャンペーンを普通にやっていると、途中でいかにも艦船部隊を用意してくれ、というような面に何度か出くわすはずなのでそこで用意できるとよいでしょう。生産は敵艦船部隊を全て片付けてからするのがコツです。
序盤の敵を片付けるとあとは散発的に生産しつつかかってくるだけになります。地上部隊は攻撃ヘリと攻撃機、航空部隊は戦闘機で楽に片付け、経験値を稼ぎましょう。適宜、簡易空港の建設と給油機を用いると安心です。敵対空戦車が一番厄介ですが、ひきつけて挟み撃ちの攻撃機先制攻撃や、攻撃ヘリSの間接攻撃が効果的です。できるだけ早めに首都付近を爆撃し、タイミングを図って占領するようにしましょう。
 上記戦略の中で「おとりに生産」ということをしていました。生産のためには部隊上限に達していないことが必要です。持ち越せるので簡単に部隊上限に達しがちです。はたして何を処分すればよいのでしょうか。
 答えは簡単です。戦闘に参加しない低額ユニット、すなわち「歩兵」「工作車」「補給車」です。適宜処分していってください。
さて、ここまでの基本戦略で、明らかに使わないユニットがあるということに気づいているはずです。以下有用性を一覧にしてみるので、参考にして組み上げていってください。移動力を重視するのがコツです。
 戦闘機S・攻撃機S・攻撃ヘリS・イージス艦・大型空母・(対空ミサイルS・自走砲S・ロケットランチャーS)
 (高レベルの)戦闘機A・攻撃機A・対空戦車・対空ミサイル・ロケットランチャー・自走砲
 (進化させるために)戦闘機B・攻撃機B・攻撃ヘリ
 (値段が高いので)爆撃機・給油機・輸送機・潜水艦
 歩兵・工作車・補給車・戦車
 (低レベルの)対空戦車・戦闘機A
 (性能が半端)ミサイル歩兵・小型空母
 (弱すぎる)輸送トラック・コンバットバギー・戦闘車両・輸送装甲車・駆逐戦車・対潜ヘリ
 (そもそもこのゲームにおいて不要)補給タンカー
 (輸送機代わりにも使える)歩兵戦闘車
 (出番がない)輸送艦
 (少々半端)輸送ヘリ
爆撃機は2〜3ほど保有していると効率的です。工作車と補給車を輸送機で運び、簡易空港の建設をするのはかなり便利です。とにかく戦闘機・攻撃機の弾薬と燃料はショートしがちなので注意しましょう。
輸送艦は地上部隊を効率よく運ぶのにはよいのですが、航空部隊だけでもほとんどかたがつくので特に重要というわけではありません。最初に用意した間接攻撃ユニットなどを前線に使えると気が楽、というのが大きいと思います。
制限ターン数の4割から8割くらいのターンが「遅」いクリアです。それ以外は速いクリアとなります。調整は簡単で、敵首都周りを爆撃しまくればなにも出来なくなるので残りわずかな敵ユニットを囲っておけば時間は潰せます。航空機が燃料切れで墜落しないようにだけ注意してください。
一般的に、遅いと真下に、速いと右下に進むようです。
アルファベットはそれぞれエンディングに対応します。
| 1 →2 | 2 →3 | 3遅→4 速→5 | 
| 4遅→7 速→9 | 5 →6 | 6遅→9 速→8 | 
| 7遅→10 速→11 | 8遅→12 速→12 | 9 →11 | 
| 10 →13 | 11遅→14 速→15 | 12 →15 | 
| 13速→16 速→14 | 14遅→16 速→17 | 15遅→17 速→18 | 
| 16遅→19 速→20 | 17遅→20 速→21 | 18遅→21 速→30 | 
| 19遅→22 速→23 | 20 →23 | 21遅→23 速→24 | 
| 22遅→25 速→23 | 23 →26 | 24遅→26 速→27 | 
| 25遅→D  速→26 | 26遅→28 速→27 | 27 →29 | 
| 28遅→31 速→32 | 29遅→31 速→32 | 30遅→32 速→33 | 
| 31遅→34 速→35 | 32遅→35 速→36 | 33遅→35 速→36 | 
| 34遅→C  速→35 | 35遅→B  速→37 | 36遅→38 速→39 | 
| 37遅→40 速→38 | 38 →41 | 39遅→41 速→42 | 
| 40遅→43 速→41 | 41 →44 | 42遅→44 速→45 | 
| 43遅→B  速→44 | 44遅→B  速→A | 45遅→A  速→S | 
45面全てをクリア時の話であり、エンディングを集めていた頃とはだいぶ異なる。5画面目などはかなりつらいので駆逐戦車などつかって遊ぶ余裕はない。しかもかなり潰されるのでもったいなくて進化ユニットなど使えない。